Musuh dapat mencoba mendenonimkan pengguna dengan beberapa cara. Salah satu cara ini dapat dicapai adalah dengan mengeksploitasi perangkat lunak yang rentan di komputer pengguna. NSA memiliki teknik yang menargetkan kerentanan - yang mereka beri kode "EgotgressiveGiraffe" - dalam versi browser Firefox yang lama pada satu waktu yang dibundel dengan paket Tor dan, secara umum, menargetkan pengguna Tor untuk pemantauan ketat di bawahnya. Program XKeyscore . Serangan terhadap Tor adalah bidang aktif penelitian akademik yang disambut oleh Proyek Tor itu sendiri. Sebagian besar pendanaan untuk pengembangan Tor berasal dari pemerintah federal Amerika Serikat , pada awalnya melalui Kantor Riset Angkatan Laut dan DARPA
Prinsip inti Tor, "onion routing", dikembangkan pada pertengahan 1990-an oleh karyawan Laboratorium Penelitian Angkatan Laut Amerika Serikat , ahli matematika Paul Syverson, dan ilmuwan komputer Michael G. Reed dan David Goldschlag, dengan tujuan melindungi komunikasi intelijen AS secara online . Perutean bawang dikembangkan lebih lanjut oleh DARPA pada tahun 1997.
Versi alpha Tor, dikembangkan oleh Syverson dan ilmuwan komputer Roger Dingledine dan Nick Mathewson dan kemudian disebut proyek Onion Routing, atau proyek Tor, diluncurkan pada 20 September 2002. [Rilis publik pertama kali terjadi pada setahun kemudian. [Pada 13 Agustus 2004, Syverson, Dingledine, dan Mathewson mempresentasikan "Tor: The Onion Router Generasi Kedua" di Simposium Keamanan USENIX ke-13. Pada tahun 2004, Laboratorium Penelitian Angkatan Laut merilis kode untuk Tor di bawah lisensi gratis, dan Electronic Frontier Foundation (EFF) mulai mendanai Dingledine dan Mathewson untuk melanjutkan pengembangannya.
Pada bulan Desember 2006, Dingledine, Mathewson, dan lima lainnya mendirikan The Tor Project , sebuah 501 (c) (3) penelitian-pendidikan berbasis- Massachusetts yang bertanggung jawab untuk memelihara Tor. EFF bertindak sebagai sponsor fiskal Proyek Tor di tahun-tahun awalnya, dan pendukung keuangan awal Proyek Tor termasuk Biro Penyiaran Internasional AS, Internews , Human Rights Watch , Universitas Cambridge , Google , dan Stichting yang berbasis di Belanda. NLnet .
Dari periode ini dan seterusnya, mayoritas sumber pendanaan berasal dari pemerintah AS.
Pada November 2014 ada spekulasi setelah Operasi Onymous bahwa kelemahan Tor telah dieksploitasi. Sumber BBC News mengutip "terobosan teknis" yang memungkinkan pelacakan lokasi fisik server. Pada November 2015 dokumen pengadilan mengenai masalah ini, selain menimbulkan kekhawatiran serius tentang etika penelitian keamanan dan hak untuk tidak digeledah dijamin dijamin oleh Amendemen Keempat AS, juga dapat menghubungkan operasi penegakan hukum dengan serangan terhadap Tor di awal tahun.
Pada bulan Desember 2015, Proyek Tor mengumumkan bahwa mereka telah merekrut Shari Steele sebagai direktur eksekutif barunya. Steele sebelumnya memimpin Yayasan Electronic Frontier selama 15 tahun, dan pada tahun 2004 mempelopori keputusan EFF untuk mendanai pengembangan awal Tor. Salah satu tujuannya adalah untuk membuat Tor lebih ramah pengguna untuk menghadirkan akses lebih luas ke penjelajahan web anonim.
Pada bulan Juli 2016 dewan lengkap Proyek Tor mengundurkan diri, dan mengumumkan dewan baru, yang terdiri dari Matt Blaze , Cindy Cohn , Gabriella Coleman , Linus Nordberg, Megan Price, dan Bruce Schneier .
